1. Το Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου, με έδρα τη Λάρισα και αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια, είναι ο ελεγκτικός μηχανισμός της διοικητικής δράσης όλης της Περιφέρειας, ώστε να αποκαθίστανται διοικητικές και οργανωτικές δυσλειτουργίες. Το Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου υποβάλλει, σε περιοδική βάση, αναλυτική έκθεση στον Περιφερειάρχη και στον Περιφερειακό Συμπαραστάτη του Πολίτη και της Επιχείρησης, για κάθε οργανική μονάδα ξεχωριστά.
2. Το Αυτοτελές Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου ασκεί αρμοδιότητες, οι οποίες, ιδίως, αφορούν:
την κατάρτιση προγράμματος τακτικών ελέγχων σε ετήσια ή εξαμηνιαία βάση, που ολοκληρώνεται τον Δεκέμβριο κάθε έτους, μέσα στους οποίους συμπεριλαμβάνονται και οι έλεγχοι παρακολούθησης ή επανέλεγχοι, τη διαδικασία έγκρισης του προγράμματος από τον Περιφερειάρχη, την κατάρτιση σχεδίου ελέγχου (χρονοδιάγραμμα, μεθοδολογία κτλ.), την εκτέλεση του ελέγχου (τακτικό, ειδικό ή έκτακτο κατ’ εντολή, παρακολούθησης), τη σύνταξη και αξιολόγηση της προσωρινής έκθεσης και την διαβίβασή της στους υπεύθυνους της λειτουργίας της ελεγχόμενης διαδικασίας κτλ για την αποδοχή των προτάσεων και συστάσεων, την οριστικοποίηση της έκθεσης, την υποβολή της έκθεσης στον Περιφερειάρχη ή στην αρμόδια αρχή που διέταξε τον έλεγχο, την αξιολόγηση της αποτελεσματικότητας των ενεργειών που πραγματοποιήθηκαν για τη μείωση κινδύνων και την εξέταση της αναγκαιότητας διενέργειας επανελέγχου, τη σύνταξη του ετήσιου απολογισμού, την εισήγηση για τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας του συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου, την παροχή οποιασδήποτε, σχετικής με τους ελέγχους, πληροφορίας ζητηθεί εγγράφως από Εποπτικές ή γενικά Ελεγκτικές Αρχές.
3. Οι προϊστάμενοι των οργανικών μονάδων συνεργάζονται και παρέχουν τις αναγκαίες πληροφορίες στο Τμήμα, προκειμένου να παράσχουν κάθε στοιχείο για την εκτέλεση των αρμοδιοτήτων του.